Ahoi,
Kann es sein, dass dein Schiff mit einem Handelsangebot belegt ist?
Um nachzusehen öffne das Handelsmenü (Handsymbol im rechten Menü und dann auf die ausgehenden Handelsangebote (Schiffsymbol mit rotem Pfeil). Dort stehe deine ausgehenden Angebote.
Wenn du ein Angebot erstellst werden die Waren sofort auf das Schiff geladen und belegen es - wenn du dein Schiff wieder zurückhaben willst brich das Handelsangebot ab und du erhälst die Ware zurück und das Schiff ist wieder verfügbar.

lg,
Loki